На сьогодні функції ліквідованої Санітарно-епідеміологічної служби в Україні розподілені між Міністерством охорони здоров’я (питання, що стосуються громадського здоров’я) і Міністерством аграрної політики та продовольства (питання, що стосуються усього процесу надходження харчових продуктів до споживача).
Функція епіднагляду, як і майнові комплекси колишньої СЕС, включаючи лабораторії, перейшли у підпорядкування МОЗ. Отже, міністерство отримало можливість максимально зосередитися на проблемах громадського здоров’я.
Вже зроблено певні кроки в законодавчому регулюванні цієї сфери. Зокрема, на розгляд Верховної Ради подано законопроект № 5134 «Про внесення змін до деяких законодавчих актів України у частині оптимізації системи центральних органів виконавчої влади у сфері санітарного та епідемічного благополуччя населення».
В пріоритеті залишається питання координація та комунікації між усіма інституціями, до яких перейшли функції колишніх СЕС.
За інформацією офіційного порталу МОЗ України